PHP+MySQL es una de la combinaciones más ampliamente usadas en los servidores web. Por eso decidí hacer esta recopilación de 4 aplicaciones web, todas ellas escritas en PHP y open source para administrar MySQL.
phpMyAdmin
Es las aplicación más conocida y la que usan por defecto la mayoría de los servicios de hosting. Es potente pero algo antigua para mi gusto.
No voy hablar más de esta debido a que seguramente la conoces y es muy posiblemente la que usas.
Sitio: www.phpmyadmin.net
+Info: phpMyAdmin – Wikipedia
phpMinAdmin
Esta aplicación es muy curiosa, ya que está compuesta por un sólo archivo PHP. Podría decirse que es algo más simple, pero no sólo es rápida sino que también es muy completa, el código que envía al explorador es moderno y es ideal para hacer modificaciones rápidas en un servidor sin perder tiempo con la instalación.
Características principales:
- Trabaja con MySQL 4.1 y 5.0 a través de
mysqli,mysqlopdo. - Soporta PHP 4.3+ y PHP 5 con sesiones habilitadas.
- Está disponible en +10 lenguajes.
- Es gratis para uso tanto comercial como no y usa una licencia Apache.
- Y muchas más.
No la he usado mucho y sólo lo he hecho en mi servidor de desarrollo, pero me ha funcionado siempre muy bien y me gusta que su interfaz es limplia y sólo posee texto.
Sitio: phpminadmin.sourceforge.net
SQL Buddy
Ya había hablado sobre SQL Buddy, tiene una interfaz bonita y funcional. Siempre que la he usado me ha funcionado muy bien en especial para importar/exportar. En mi experiencia personal esto fué en dos ocasiones que tuve problemas con phpMyAdmin y SQL Buddy me ayudó. Me gustó tanto que es la aplicación que utilizo normalmente en mi servidor de desarrollo.
Algunas de las cosas que más me gustan de esta son: su interfaz que soporta atajos de teclas, el hecho de estar traducida a varios idiomas lo que me permiten usarla en español y también que no requiere instalación ya que sólo son necesarios los datos de autenticación.
De todas formas, de ser necesario, se pueden configurar algunas variables en un archivo config.php pero es algo que no he tenido necesidad de usar.
Sitio: www.sqlbuddy.com
MySQL Sidu
Esta aplicación la descubrí recientemente leyendo www.webresourcesdepot.com y al igual que las otras, es fácil de instalar, es gratis, su interfaz usa frames por lo que la hace muy similar a phpMyAdmin pero tiene un menú poco intuitivo. 
Posee una vista jerárquica muy cómoda de las tablas, los nodos que se pueden expandir/contraer.
Soporta varios idiomas entre ellos el chino.
Sitio: sidu.sourceforge.net
Conclusión
Las 4 herramientas son potentes, fáciles de instalar y sin dudas todas aporta características que nos facilitan el trabajo.
phpMyAdmin es la más usada o por lo menos es la que he encontrado en la mayoría de los servicios de hosting, por lo tanto es la terminamos usando de facto.
phpMinAdmin me gusta porque es muy potente y como sólo es un archivo, es muy fácil de instalar si tener que sacrificar nada a cambio.
SQL Buddy es elegante, completa y funciona bien, en mi caso es ideal para mi servidor de desarrollo.
MySQL Sidu es buena pero también es la que menos conozco. Personalmente no me gusta que use frames y los menús que son sólo íconos e iniciales que hacen que no sea tan intuitivo usarla y que no me den muchas ganas de invertir tiempo en ver si posee alguna funcionalidad distinta a la de las otra herramientas.
Para conectarte a tus bases de datos, hacerles mantenimiento, borrar, editar, etc., tienes un interesante abanico de opciones, que sin dudas te harán tu trabajo más cómodo.