By Diego Cambiaso 
Con la cantidad de frameworks para crear themes para WordPress que existen, tal vez quieras animarte a crear uno y posiblemente quieras potenciarlo utilizando jQuery.
Agregar esta biblioteca es en verdad una tarea sencilla, esto es debido a que WordPress ya utiliza jQuery, seguramente lo habrás notado al momento de subir una imagen, cuando se abre el diálogo, éste utiliza un efecto similar al lightbox.
Entonces para incorporar jQuery en tu theme, sólo tienes que agregar en el archivo header.php, dentro de las etiquetas <head>…</head> el siguiente código:
<?php wp_enqueue_script("jquery"); ?>
Vía: How to include JQuery on your WordPress theme – Wp Recipes
Extra
Si en verdad está en tus planes crear tu propio theme WordPress, te recomiendo este post (en inglés) de Reencoded: 12 great tutorials on creating a new WordPress Theme.
Y si quisiese añadir Jquery Mobile, como deberia hacerlo?
Hola buen día, tengo una duda despues de que ya agrege las lineas de codigo que mencionan ustedes como mando a llamar lo que necesito? o lo jala automatico.
Soy nuevo en de wordpress…espero y me puedan ayudar. Saludos.
La verdad no me parece muy buena idea colocarlo en el header.php, mas bien debería ir en functions.php, en algo así:
function nuestrotheme_cargar_jquery(){
wp_enqueue_script(‘jquery’);
wp_enqueue_script(‘jquery-ui-core’);
//otros scripts a cargar
}
add_action(‘wp_enqueue_scripts’,’nuestrotheme_cargar_jquery’);
En este link del codex hay una lista de todos los scripts que podemos cargar: http://codex.wordpress.org/Function_Reference/wp_enqueue_script
mmm gracias pero creo que tambien se puede poner Jquery UI de una forma parecida no?